Институт экономических исследований ДВО РАН был создан как самостоятельное подразделение 1 июля 1976 г. в соответствии с Постановлением Президиума АН СССР N 480 "Об организации Института экономических исследований ДВНЦ АН СССР" от 27 мая 1976 г.
С самого начала институт был ориентирован на организацию экономической науки на Дальнем Востоке, системное изучение социально-экономических процессов, происходящих в этом важном не только для России, но и всей Северо-Восточной Азии регионе. Институт сконцентрировал в своих лабораториях ведущих специалистов в различных отраслях экономической науки. Общая специализация института - исследование проблем и перспектив экономического и социального развития Дальневосточного экономического района, исследование проблем экономического сотрудничества с зарубежными странами в бассейне Тихого океана. При создании институт был также ориентирован на организацию и координацию экономических исследований на Дальнем Востоке, подготовку кадров высшей квалификации, которая осуществляется через аспирантуру института.
В советский период Институт неоднократно награждался дипломами, серебряными и золотыми медалями ВДНХ СССР. В 1997 г. Институт был удостоен почетного Приза Ниигаты за сотрудничество в Северо-Восточной Азии.
Директором-организатором института в 1971-1975 гг. являлся член-корреспондент РАН П.Г. Бунич. На различных этапах становления и развития Института его возглавляли известные ученые-экономисты: д.э.н., проф. Тарасов Г.Л. (1976-1978 гг.), член-корреспондент РАН В.П. Чичкановым (1979-1986 гг.), д.г.н., проф. П.Я. Бакланов (1987-1991 гг.). С 1991 г. по 2016 г. ИЭИ ДВО РАН возглавлял академик РАН П.А. Минакир. С 2017 г директором ИЭИ ДВО РАН является д.э.н. Прокапало О.М.
В настоящее время структура института  включает 10 научно-исследовательских подразделений,  отдел научно-образовательных проектов,  представительство Института в г.Москве,  Амурскую лабораторию экономики и социологии в г. Благовещенске, Приморскую лабораторию экономики и глобальных проблем в г. Владивостоке. На 1 января 2015 г. общая штатная численность института составляла 86 сотрудников, в том числе научных - 41 (1 академик Российской Академии Наук, 10 докторов наук и 24 кандидата наук).
Основные научные направления Института:
В соответствии с Уставом, основными направлениями деятельности Института являются:

• Научные основы концепции социально-экономической стратегии развития восточных районов РФ;
• Исследование и прогнозирование социального и экономического развития РФ в территориальном разрезе;
• Теоретические основы и инструментальные методы исследований экономического пространства. Региональная экономическая политика;
• Исследование функционирования и развития экономики и социальных систем федеральных округов и субъектов РФ в восточных районах РФ;
• Отраслевые рынки и межотраслевые комплексы в территориальном аспекте;
• Международное экономическое сотрудничество РФ и ДФО со странами Северо-Восточной Азии. Экономика стран АТР и СВА. Экономическая интеграция в АТР и СВА;
• Междисциплинарные исследования пространственных аспектов развития экономики и общества.